معایب کتاب الکترونیک:

با وجود همه این مزایا قرار نیست به همین راحتی بتوانیم میان کتاب کاغذی و کتاب الکترونیک یکی را انتخاب کنیم. کتاب الکترونیک معایبی دارد که ممکن است از سوی خیلی از افراد قابل چشم‌پوشی نباشد.

یک تحقیق نشان داده است که با خواندن کتاب‌های الکترونیکی میزان یادگیری کاهش می‌یابد. در این پژوهش از یک گروه ۲۵ نفره خواسته شد که یک کتاب ۲۸ صفحه‌ای را در کتابخوان کیندل بخوانند و یک گروه ۲۵ نفره دیگر هم همان کتاب را از روی کتاب کاغذی مطالعه کردند. سپس از آن‌ها خواسته شد که چهارده رویداد از داستان را به ترتیب زمان وقوع بیان کنند. در این بررسی عملکرد خوانندگان کتاب‌های کاغذی بسیار بهتر بود. یک بررسی دیگر هم در دانشگاه استاوانگر نروژ روی گروهی از دانشجویان انجام گرفت و نشان داد که مطالعه از روی کاغذ یادگیری بهتری به دنبال دارد. خستگی و آسیب جسمی کمتر کتاب کاغذی مورد توجه است. نگاه کردن به یک صفحه نمایش به مدت طولانی، عوارضی مانند خستگی و آسیب چشم، خستگی ذهنی و اختلالات خواب را به همراه دارد در حالی که مطالعه از روی کاغذ هیچ‌کدام از این مشکلات را در پی ندارد. عوارض نگاه کردن طولانی‌مدت به صفحات نمایش در کودکان شدت و اهمیت بیشتری دارد.

خواندن یک کتاب کاغذی نیاز به هیچ وسیله‌ای به جز خود کتاب ندارد. همچنین تمامی افراد به‌سادگی می‌توانند از آن استفاده کنند بدون آن‌که نگران تمام شدن شارژ باشند!

معمولا حقوق پدیدآورندگان در کتاب‌های چاپی حفظ می‌شود و سود مالی حاصل از انتشار آن‌ها به جز موارد معدود، به نویسنده و ناشر برمی‌گردد در حالی که با فقدان قوانین کپی‌رایت یا اجرای ناقص آن‌ها، کتاب‌های الکترونیکی به‌راحتی کپی می‌شوند، بدون آن‌که نویسنده یا ناشر اطلاعی داشته باشد. البته استفاده از اپلیکیشن‌های کتابخوان در کشور ما رایج شده‌اند و خرید کتاب الکترونیک از طریق آن‌ها می‌تواند تا حدود زیادی باعث حفظ حقوق پدیدآورندگان شود.